امام باقر ع تفاوت خود با انبیا را را مانند تفاوت حضرت موسی و خضر می داند. یکی از اشتباهات رایج ما این است که علم و حکمت را یکی در نظر میگیریم در صورتی که اینطور نیست.

انسان در حوزه علم هیچ چیزی تولید نمی کند. بلکه یک سری مجهولات وجود دارد که شاید راز هایی برای آن ها ساخته شود.

پس علم با پرسش از این راز ها آغاز می شود. هر پاسخی که به این پرسش ها داده شود همان علم است. خواه پاسخ درست باشد یا غلط.بدون وجود انسان اصلا علم نحوه پیدایش کره ها ماهیت سایر اشیا چه اهمیتی داشته است. علم خارج انسان اهمیت ندارد. علم انسان به یک چیز اهمیت پیدا می کند و انسان حامل این علم مهم است.

پس از اینکه امام سجاد پس از حادثه عاشورا ایمان را دوباره متولد ساختند امام باقر نیز این علم نو متولد شده را از خرافه ها و اندیشه های نادرست پاک کردند و به زینت علم آن را زینت بخشیدند.

امام باقر در زمان خود با سه دسته مواجه بودند. معتزلی ها که قشر روشن فکر بودند و عقل خود را کافی می دانستند .مرجعه که مانند لیبرال های امروزی بودند و معتقد به پاکی دل بودند و ایمان را شرط کافی می دانستند و عمل صالح را لازم نمی دانستند.و خوارج که گروهی خشک مقدس بودند

امام را از آن جهت باقر نامیدند که علم را چنان شخم زد و زمین سخت را شکافت و آن را مستعد پرورش خوشه های علم کرد.

در زمان امام دو سوال اصلی مطرح بود. اول اینکه خلافت درست است یا امامت. و دوم اینکه خلیفه گناه کار مومن است یا خیر.

حرکت امام باقر در حقیقت یک جنبش چریکی و زیر زمینی علمی بود برای مبارزه با جاهلان.

هم اکنون نیز افرادی در حوزه و دانشگاه چنان سیطره پیدا کرده اند که امکان هر گونه تحول و اندیشه نویی را چون خود به آن نرسیده اند را نمی دهند. افراد تنها در زمینه هایی می توانند فعالیت کنند که زیر نظر اینها باشد و به دانسته های این افراد برسد. امروز هم نیازمند کار چریکی و زیر زمینی برای تولید علم نو هستیم که مطابق زمان ما باشد.